Tendo o mesmo problema, descobri que posso clicar no ícone na bandeja uma vez e não ver nada acontecer, mas clique nele mais uma vez e a janela aparecerá normalmente, como clicar no ícone uma vez para minimizar a janela e clicando novamente para exibir novamente essa janela; irritante, mas ligeiramente mais rápido do que reiniciar o Update Manager a partir do menu.
Isso foi relatado como um bug no Launchpad: