Sem mais conhecimento sobre sua configuração atual, presumiremos que você tenha um problema cgroup.
Tente excluir seus cgroups e limitar o próprio dispositivo.
#!/bin/bash
# Using ifb device to shape ingress traffic
modprobe ifb
ifconfig ifb0 up
# flush tc
tc qdisc del dev eth0 root &> /dev/null
tc qdisc del dev eth0 ingress &> /dev/null
tc qdisc del dev ifb0 root &> /dev/null
# limit all outbound traffic
tc qdisc add dev eth0 root handle 1: htb default 1
tc class add dev eth0 parent 1: classid 1:1 htb rate 1mbit
# forward inbound traffic to ifb
tc qdisc add dev eth0 ingress
tc filter add dev eth0 parent ffff: protocol all u32 match u32 0 0 action mirred egress redirect dev ifb0
# limit all inbound traffic via ifb egress
tc qdisc add dev ifb0 root handle 1: htb default 1
tc class add dev ifb0 parent 1: classid 1:1 htb rate 1mbit
Teste e você verá que funciona tanto de entrada quanto de saída. Se você quiser limitar apenas em uma direção, simplesmente ignore a outra parte.