Esta é uma questão interessante. A única coisa em que posso pensar para isso seria fotografar a máquina inteira (assumindo uma VM) ou usar o processo de streaming do App-V para capturar cada ponto, o que pode tornar a reprodutibilidade um problema.
Naturalmente, isso pressupõe que o estado do aplicativo seja autônomo em um único sistema. Se estiver falando com SQL remoto ou um webservice, etc (se depender de outra coisa), se você não puder também capturar a entidade remota, não será possível fazer isso.
Dê-nos mais informações, por favor: Qual é o problema que você está realmente tentando resolver?