O fdisk é uma ferramenta antiga e usa o esquema do cilindro oldstyle como padrão. Isso será calculado com base nos dados cilinder / track / head falso fornecidos pelo firmware do disco rígido. A maioria das ferramentas (desde a existência do particionamento LBA) não tem nada para fazer.
Você pode alternar para o modo baseado em setor com o comando u
.
Sua tabela de partições provavelmente foi gerada por outra ferramenta (provavelmente por um recurso de reparticionamento de um instalador), que usava esse particionamento baseado em setor por padrão.
Gpart, parted e ainda muitas ferramentas fazem isso melhor, embora nenhum deles tenha a precisão pura e limpa do fdisk antigo.