Não, não é necessário e, na verdade, nem sempre é possível em um sistema em execução. Essa pasta será criada pelo Windows em cada unidade. Portanto, se você precisar substituir a unidade e restaurar tudo o resto, o Windows criará a pasta de volume do sistema por si só.
Sugiro que você adote uma abordagem diferente para seus backups. Simplesmente fazer o backup para outra unidade na mesma máquina é muito arriscado. Um surto de energia decente poderia eliminar ambas as unidades, deixando você sem nada. Um incêndio ou outro desastre faria o mesmo. Considere, no mínimo, copiar tudo na sua unidade de "backup" para algum armazenamento externo e levar essa casa consigo todas as noites. Um backup que resta da máquina que foi armazenada em backup é um desastre de negócios esperando para acontecer. Um desastre que poucas empresas se recuperam.