Concordo com a sugestão do @ HopelessN00b de que, para que cada um dos seus sites seja completamente independente, você deve executar cada banco de dados em sua própria instância. No entanto, mesmo isso não é uma configuração totalmente independente, mas o uso de bancos de dados na nuvem pode minimizar certos riscos. Como você está preocupado com a alta disponibilidade de seus bancos de dados e planeja movê-los para o RDS, sugerimos que você analise a opção de banco de dados na nuvem do Xeround como alternativa ao RDS. Se bem entendi o Xeround oferece um banco de dados que é distribuído em vários servidores e também tem replicação, ambos são recursos que podem lidar com o failover (aqui estão algumas informações do wiki sobre sistemas distribuídos e replicação .:)