Sem ver a configuração completa do apache, é difícil diagnosticar, mas algumas coisas para analisar
- Verifique se você não está incluindo ou definindo um segundo arquivo de log no mesmo vhost - isso causará um registro duplo.
- Verifique se os arquivos de log não estão vinculados um ao outro -
find /var/log/apache2 -samefile /var/log/apache2/access.log
listará os dois se isso for verdade.
Considere a possibilidade de que isso seja um bug.