Eu estava lidando com o mesmo problema aqui. Descobri como configurar a tela inicial quando gravada, mas, como você, precisaremos fazer alterações nas máquinas no campo sem recriar a imagem delas.
O que eu encontrei foi que você pode fazer login como usuário e configurar a tela inicial conforme necessário e, em seguida, copiar c: \ usuários \ nome do usuário \ appdata \ local \ microsoft \ windows \ appsfolder.itemdata-ms para o mesmo local para o usuário padrão. Você precisará defini-lo como Somente leitura na pasta do usuário padrão ou os novos usuários não o obterão.
Isso nos permite alterá-lo para novos usuários na máquina. Para usuários existentes na máquina, eu configurei uma GPP que segmenta usuários que repalavam o arquivo updated.itemdata-ms no perfil do usuário com um que tenhamos armazenado na pasta Netlogon.
O arquivo itemdata-ms deve ser marcado como somente leitura, independentemente do perfil em que está. Eu não o vi funcionar de outra forma. Ele também restaura a configuração da tela inicial para o que deve ser quando o usuário faz login novamente.
Ainda estou trabalhando para obter favoritos do IE na tela inicial. Agora eles podem ser adicionados a partir do IE, mas carregá-los e, em seguida, fixá-los altera a URL que é usada para muitos deles. Meio como o Princípio de Heisenberg. Ainda trabalhando nisso.