É uma pena que ninguém tenha postado outra resposta em quase um ano. Eu tive a mesma preocupação recentemente, já que estou querendo testar a solução VDI-in-a-box da Citrix sem ter que comprar muitos produtos da Microsoft apenas para começar. Existem várias soluções disponíveis agora que são executadas no próprio servidor sem a necessidade de ferramentas remotas, como o RSAT, que, como você apontou, são apenas do Windows.
O primeiro lugar para começar é aqui:
link
Aqui é onde encontrar um conjunto gratuito de ferramentas de GUI que são executadas no núcleo do servidor gratuito do Hyper-V 2012. Produto realmente incrível.
Outra opção são as ferramentas gratuitas do 5nine.com, embora elas realmente prefiram que você compre seu produto baseado em taxas.
Por fim, muitos relataram bons resultados com vtutilities que também são executados no servidor.
Espero que ajude. Eu tive que fazer algumas horas de pesquisa para encontrar tudo isso, mas está funcionando bem para mim até agora. Estou usando um Dell PowerEdge SC1430 mais antigo com dois núcleos e 8 GB de RAM. Muito decente (para um servidor de teste).