Algumas opções populares que não foram mencionadas por outras pessoas são OSSEC e Verisys .
OSSEC é um sistema de código aberto que pode monitorar sistemas de arquivos para mudanças. Certamente não é o mais liso em termos de facilidade de uso, mas é gratuito e funciona no Windows e no Linux.
O Ionx Verisys é um sistema comercial de monitoramento de integridade de arquivos. Isso é muito mais fácil de usar do que o OSSEC, ou o Tripwire (que alguém já mencionou), e não é tão caro comparado a outras alternativas comerciais (por exemplo, o Tripwire). Embora seja mais caro que o OSSEC, é claro:)
P.S. Você pode querer trabalhar nessa taxa de aceitação de 0% um pouco!