No final, eu corri o processo de controle no Windows e usei o PLINK para executar comandos no Unix. Usando o PLINK, consegui capturar os códigos de saída e saída do console gerados pelo processo Unix e processá-los no Windows.
Eu configurei autenticação baseada em chave pública, sem senha. Orientação sobre como configurar isso está na documentação do PLINK.