Você não terá um problema com isso. Cada etapa da migração pode ter uma ação diferente. Você pode migrar computadores e mesclar os usuários sem problemas.
Temos dois domínios em florestas separadas e precisamos mesclá-los / migrá-los. Eu acredito que uma migração simples com o ADMT irá mover todos os perfis de usuários locais, e não será um problema. O problema em potencial é que todos os usuários no domínio2 têm contas de usuário idênticas (mesmo usuário / senha) no domínio1, para que possam ter caixas de correio de troca.
Se fizermos uma migração com o ADMT, teremos algum problema, já que os usuários precisam ser mesclados, enquanto os computadores e os perfis locais precisam ser migrados?