Minha experiência é principalmente com o Windows, mas o processo é praticamente o mesmo:
Are the machines brought on the network when they are powered on, before they are reconfigured?
As máquinas são ligadas e os scripts de configuração para alterar a configuração são executados antes que a rede e o restante do sistema sejam colocados on-line. A máquina, então, reinicia, se necessário, e a segunda vez em que é inicializada totalmente, com a nova configuração.
Is there a potential IP address conflict?
Em relação à rede e aos endereços IP duplicados, você deve estar seguro, no entanto, se estiver realmente preocupado, crie uma segunda rede e não vincule nenhum NIC a ela. Após o assistente de personalização, você pode optar por não inicializar a máquina imediatamente. Se você se certificar de que ele não inicializa, você terá a opção de alterar a rede à qual a VM está conectada à rede fictícia. Depois que você inicializar e executar o script de configuração, verifique novamente as configurações de IP da rede para certificar-se de que não estão em conflito (você terá que fazer a verificação manualmente, é claro) e, em seguida, basta apertar o botão rede para a rede ao vivo.
Is there an option to run additional scripts which reside on the guest as a part of the reconfiguration?
Não posso ajudar com isso, estou com medo.