Nós sofremos com isso por vários meses, começando em janeiro-fevereiro de 2009. Uma equipe de suporte da Microsoft finalmente descobriu que foi causada pelo bloqueio excessivo do registro, proveniente do objeto auxiliar do navegador IE (BHO) para Java.
Eu não acho que a causa raiz seja o java per-se, já que não fizemos nenhuma mudança no Java por um longo tempo. Nossa solução foi adicionar um acl de negação para todos os usuários às bibliotecas Java usadas para o bho:
(Java 6):
C: \ Arquivos de programas \ Java \ jre6 \ bin \ jp2ssv.dll
C: \ Arquivos de programas \ Java \ jre6 \ bin \ ssv.dll
Pode quebrar alguns aplicativos, mas funcionou para nós com o JRE6. Fazer isso para versões mais antigas do JRE5 quebrou alguns aplicativos.