Você não instala o BackTrack em outro sistema operacional.
Você pode executá-lo como um LiveCD ou instalá-lo em um disco como o sistema operacional. Eu suponho que você quer manter seu sistema operacional existente (sua instalação do Ubuntu), então não tente instalar o BackTrack sobre ele; execute-o como um LiveCD ou instale-o em outro disco ou partição.
O retrocesso no dispositivo USB funciona perfeitamente para testes de penetração. Eu tenho um stick USB apenas para esse fim. Você precisará garantir que sua máquina possa inicializar a partir do USB (configure isso no BIOS) e que a instalação que você tem no dispositivo é uma instalação ao vivo (ou seja, inicializável) e deve inicializar o BackTrack sem qualquer problema.
Atualização : o FAQ do BackTrack diz sobre o uso das ferramentas do BackTrack no Ubuntu e vice-versa:
Por que não posso adicionar os repositórios do Backtrack à minha instalação do Ubuntu ou os repositórios do Ubuntu para minha instalação do Backtrack?
Recomendamos altamente contra essa ação porque as ferramentas do Backtrack são construído com muitos recursos personalizados, bibliotecas e kernel. Nós não temos jeito de saber como eles vão executar em uma distribuição não Backtrack, mais você irá rapidamente quebrar sua instalação. Além disso, se você optar por adicionar repositórios do Ubuntu para sua instalação do Backtrack, você certamente Quebre toda a sua instalação do Backtrack muito rapidamente. Nós fazemos muito testes para garantir que todos os pacotes em nosso repositório funcionem juntos sem causar problemas. Se você decidir sobre este curso de ação você faça isso por sua conta e risco e a equipe de backtrack não oferecerá qualquer suporte de qualquer forma.