Confira este artigo. Eu costumo usar TrueCrypt para coisas assim - é muito bom. A Wikipedia também menciona algum software chamado FreeOTFE; Provavelmente vale a pena conferir.
O título diz tudo. Existe um bom, seguro , flash drive encrypt-er?
sudo apt-get install cryptsetup , em seguida, use o utilitário de disco para criar uma partição na unidade e torná-la criptografada. Você será solicitado a inserir uma senha para inserir o pen drive a partir de então