Benjamin,
É normal, como o Ubuntu funciona com um menu global. Tente mover o cursor para a área superior quando o aplicativo estiver no modo de tela cheia.
Você verá os menus e as opções do Windows, como esperado.
Editado :
Você está certo. Depois de tentar por um tempo, isso aconteceu comigo também. Você pode tentar Ctrl + Alt + 5 para sair desse modo "problemático".
Esse comportamento é um bug, e uma correção foi confirmada, como você pode ver aqui .