AMIs e instantâneos são armazenados no S3 na classe de armazenamento padrão. Você não pode acessar esta área do S3 diretamente, apenas através da interface web do serviço ou APIs. Você paga taxas padrão S3 por esse armazenamento.
Não há uma maneira fácil de saber quanto armazenamento essas seções "ocultas" do S3 ocupam. A melhor maneira que encontrei é na fatura mensal.
Referências (em dezembro de 2016)
You can back up the data on your EBS volumes to Amazon S3 by taking point-in-time snapshots.
Amazon EBS-backed AMIs launch faster than Amazon EC2 instance store-backed AMIs. When you launch an Amazon EC2 instance store-backed AMI, all the parts have to be retrieved from Amazon S3 before the instance is available. With an Amazon EBS-backed AMI, only the parts required to boot the instance need to be retrieved from the snapshot before the instance is available.
Armazenamento de snapshots do EBS.
Snapshots occur asynchronously; the point-in-time snapshot is created immediately, but the status of the snapshot is pending until the snapshot is complete (when all of the modified blocks have been transferred to Amazon S3)