De acordo com o comando start-stop-daemon em esta página , o script de status está tentando parar (- parar) nginx graciosamente (com o sinal QUIT), em seguida, tente novamente e espere no máximo 5 segundos (em QUIT / 5). Se, nesse momento, o nginx ainda estiver ativo (ou seja, o tempo limite for atingido), ele retornará o status 2.
Tentar parar um serviço quando solicitado por seu status é um comportamento que parece estranho para mim. Ele se encaixaria melhor em um script de reinicialização de serviço.
Isso não parece um problema. Eu não tentaria me livrar dessa mensagem