Isso depende de como você está criando o pacote. dpkg-buildpackage não chama a meta clean se você passar a opção -nc . Outra opção útil para compilação de teste é -uc (não assine o arquivo de mudanças). debuild herda essas opções de dpkg-buildpackage .
Para uma compilação de teste, você pode simplesmente fazer fakeroot debian/rules binary (ajustar o destino conforme apropriado para um pacote de vários binários).