Isso pode ser feito:
sudo ntfsfix /dev/sdxy
altere xy acima para refletir a partição em questão, por exemplo:
sudo ntfsfix /dev/sdb1
Exemplo de saída:
ubuntu@ubuntu:~$ sudo ntfsfix /dev/sdb1
Mounting volume... OK
Processing of $MFT and $MFTMirr completed successfully.
Checking the alternate boot sector... FIXED
NTFS volume version is 3.1.
NTFS partition /dev/sdb1 was processed successfully.