De acordo com este link e o Windows Server 2008 R2 Best Practices Analyzer, o endereço de loopback deve estar na lista, mas nunca como o servidor DNS primário. Em determinadas situações, como uma alteração de topologia, isso pode interromper a replicação e fazer com que um servidor fique "em uma ilha" no que diz respeito à replicação.
Digamos que você tenha dois servidores: DC01 (10.1.1.1) e DC02 (10.1.1.2) que sejam controladores de domínio no mesmo domínio e que mantenham cópias das zonas ADI para esse domínio. Eles devem ser configurados da seguinte forma:
DC01
Primary DNS 10.1.1.2
Secondary DNS 127.0.0.1
DC02
Primary DNS 10.1.1.1
Secondary DNS 127.0.0.1