Para se livrar dessa mensagem, você poderia simplesmente designar um diretório home para o usuário mysql:
sudo systemctl stop mysql.service
sudo usermod -d /var/lib/mysql/ mysql
sudo systemctl start mysql.service
e a mensagem deve ter desaparecido. Isso funciona para mim, mas não verifiquei se isso tem outras implicações, por exemplo, em relação à segurança.