De acordo com sua pergunta. Quando você executa o "gksudo nautilus", ele é aberto no diretório inicial do root, não no seu.
Basta clicar em "File System" na barra lateral esquerda do nautilus & amp; em seguida, navegue para onde, neste caso, para usr > bin
Ou inclua onde você deseja ir no comando, como
gksudo nautilus /usr/bin