Eu realmente não tentei usar logs de eventos personalizados. Mas eu vi o problema que você descreve, com os mesmos eventos aparecendo em mais de 1 log. Isso pode acontecer porque os logs de eventos são arquivos mapeados na memória e, se o tamanho total de todos os logs de eventos for maior que 300 MB, você começará a ter problemas.
Veja a segunda ou mais páginas deste artigo:
>On Windows XP-based computers, member servers, and stand-alone servers, the
>combined size of the Application, Security, and System logs should not exceed 300 MBs.