Concordo com @David_Collantes: aquele que faz a bagunça são seus vários clientes, que eu suspeito que tenham idéias diferentes sobre o seu namespace Maildir.
No Thunderbird, vá para Configuração do Servidor - > Avançado e defina seu 'namespace pessoal' para ".". Você também pode precisar desmarcar a caixa "Permitir que o servidor substitua esses namespaces".
Essa configuração controla onde o cliente procura pastas. Então você poderia fazer uma subseção de suas pastas IMAP apenas para o thunderbird.