O problema é que ele pensa que "... script.py" é o fim do seu comando. Se você colocar aspas em torno dele
psexec \mymachine python "c:\script.py < input"
Então você deve ficar bem.
Além disso, você provavelmente precisará especificar um caminho absoluto para esse arquivo de entrada.
Dois exemplos:
psexec \mymachine python "c:\script.py < \input_file_server\input"
OR
psexec \mymachine python "c:\script.py < c:\input"
Isso deve ser feito para você.