Claro. Não é uma boa ideia, mas é possível. Basta configurar algo em um URL que você controla, quando ele recebe o POST do Github, ele executa seu script de fabric. Você poderia usar qualquer tipo de CGI / FCGI / WSGI / qualquer coisa para fazer isso; até mesmo algumas linhas de PHP seriam suficientes para fazer as coisas acontecerem.