Existem dois problemas em jogo - um é da sua arquitetura e o outro é da sua implementação.
Você pode otimizar facilmente sua implementação fazendo coisas como alterar janelas de backup ou fazer backups com menos frequência ou comprar discos ou redes mais rápidos ou unidades de fita ou duplicando os dados em outro sistema. Essas mudanças são válidas, apropriadas e, com a lei de Moore do seu lado, elas podem manter seu serviço funcionando adequadamente para sempre.
Você também pode estar se deparando com uma situação em que vai se deparar com problemas de dimensionamento cada vez com mais frequência. Se você está um pouco preocupado com o fato de que você pode estar tendo problemas de escalonamento cada vez mais freqüentes, você precisará pensar em como redesenhar seu sistema para torná-lo escalável melhor. Essas coisas não são fáceis, mas, como não são fáceis, você precisa planejá-las bem antes de ter uma arma na cabeça.
Um exemplo de ajuste de sua arquitetura pode envolver a movimentação de todos os seus dados para um sistema de tipo NAS, como um arquivador NetApp ou uma caixa executando Solaris e ZFS. Com uma configuração como essa, você faz backup do servidor, que será basicamente seu programa e configuração, e usa os recursos de gerenciamento de dados da SAN para fazer o backup da SAN. Estas seriam coisas como instantâneos e registros de transações contra o instantâneo.
Você também pode fazer algo semelhante ao que o archive.org faz onde você armazena os dados em muitos sistemas diferentes, geralmente qualquer dado de dados existe em vários sistemas, e então você tem um farm de sistemas front-end que rotas os pedidos para qualquer sistema realmente hospeda os dados.
Por fim - tem certeza de que seus backups funcionam? Executar um backup por 18 horas em um sistema ativo resulta em um backup que reflete esse sistema durante essas 18 horas. O ideal é que um backup reflita um sistema em um único ponto atômico no tempo, e não um backup maluco onde algumas coisas são de um ponto no tempo e outras são de quase um dia inteiro depois. Se algum de seus dados depender ou apontar para outras partes dos dados em outro lugar, essas dependências ficarão desordenadas caso os backups sejam intercalados, e com um conjunto de dados tão grande, é 100% provável que você tenha esse cenário, se for possível, em cada backup que você tem.