O modo tradicional un * x de "esvaziar" um arquivo:
$ cat /dev/null > myfile
Movendo o arquivo & tocar um novo arquivo (portanto, alterar o descritor de arquivo) pode impedir que aplicativos existentes continuem a gravar no arquivo, o que geralmente é indesejável. Se uma cópia, se o arquivo existente é necessário, você pode fazer algo como (embora, note que não é atômica, por isso algumas datas podem ser duplicadas em ambos os arquivos):
$ cp myfile myfile-$(date '+%F') && cat /dev/null > myfile
E, como mencionado, as tarefas 'cron' geralmente não são executadas no diretório esperado; mas você pode "cd" para o seu diretório desejado no script para fazer o trabalho & ainda use caminhos relativos.