Não sei se há uma resposta objetiva para isso. Depende inteiramente de fatores como o que está no servidor de arquivos, qual é o seu negócio, se os nomes de usuário e senhas são usados em outros lugares (se você estiver sujeito a qualquer tipo de legislação que exija maior cautela (HIPAA, FERPA, PCI), etc. Dito isto, há sempre risco, só depende de quanto risco você está confortável.
Por exemplo: se você é um fornecedor e nenhum dado do cliente pode entrar em contato com o servidor de arquivos porque ele está segregado em seu próprio sistema, você pode decidir que deixar as contas de ftp ativadas é um risco aceitável. Se você é uma escola primária e o servidor de arquivos tem notas e endereços de alunos, provavelmente não. Se as contas do ftp residirem em um servidor da Web que aceita cartões de crédito, não o faça.