Eu acredito que este é um caso onde o rsync deve funcionar bem. O Rsync faz um trabalho muito bom em retomar de onde parou quando uma transferência está incompleta. Se uma versão mais antiga do arquivo já existir no lado remoto, o rsync é realmente bom em transmitir apenas as diferenças.
Eu realmente não acho que scp é o que você quer. Se você precisar transmitir através do ssh, você pode passar a opção -e ssh
para rsync e o ssh será usado como o transporte.