Uma coisa a se preocupar em usar o Excel é que ele criará arquivos temporários quando os arquivos descriptografados forem abertos. Esse arquivo existirá enquanto o Excel estiver aberto e, se falhar por algum motivo, esse arquivo temporário será deixado no sistema descriptografado. Por isso, é certamente uma boa ideia procurar alternativas.
Estamos apenas começando a usar o gerenciador de senhas da Enterprise do Manage Engine Não tenho muita experiência com isso, mas parece fazer a coisa certa quanto à separação de permissões, e registrando quem obteve a senha quando.
Editar: Perdeu o bit "não está interessado em opções pagas". Talvez usar algo como KeePass funcionaria para você.