Você provavelmente tem um processo que mantém um arquivo aberto que foi excluído. Arquivos excluídos, mas abertos, continuam consumindo espaço em disco, mas não aparecem em du ou ls. "df -i" é um arenque vermelho, ele mostra quantos arquivos você tem, ou mais tecnicamente, quantos inodes.
Se você não consegue descobrir qual processo está mantendo um arquivo grande (deletado) aberto, e é provável que seja um zumbi ou algo pendente, pode ser a hora de reiniciar.