Use sed:
$ NHOST="host.domain.tld"
$ NHOST=$(echo $NHOST | sed 's/\./-/g')
$ WSP_PATH=/var/lib/carbon/whisper/ctd/$NHOST/uptime/uptime.wsp
$ echo $WSP_PATH
/var/lib/carbin/whisper/ctd/host-domain/uptime/uptime.wsp
Como acima, / g é necessário para que todas as instâncias de. são substituídos por -
Embora pensando duas vezes, provavelmente faria mais sentido executar essa (sed) operação na variável $ NHOST (agora editada para mostrar isso)