Isso está correto.
Contanto que você tenha o .net 3.5 instalado na caixa, os aplicativos da Web .net 3.5 serão executados.
"ASP.NET 3.5, ainda é baseado no núcleo fundamental do ASP.NET 2.0. Portanto, não há nenhum novo tipo de aplicativo (para o ASP.NET 3.5) no IIS "
Extraído daqui: texto do link