Você pode fazer as duas coisas: -)
Eu tenho um sistema com home como um diretório na partição raiz (o padrão simples). Além disso, tenho um disco grande com uma partição data . Eu montei essa partição através de uma linha em / etc / fstab ('diretamente', não em casa). Eu tenho apelidos curtos para chegar aos diretórios, que eu uso com freqüência (eu uso bastante janelas de terminal), e eu tenho links simbólicos também.
No começo eu iniciei com o Windows, então eu tinha o sistema de arquivos NTFS na partição de dados. Mas agora eu uso quase só o linux, e mudei para o ext4, que é mais rápido (no linux) e também permite permissões e links mais flexíveis.
Eu tenho backups separados para o sistema e a partição de dados.