Eu tenho o mesmo problema, mas ao iniciar o átomo em geral. Acho que isso pode ser causado pelo link
Uma solução temporária que funciona para mim é este script na página do GitHub do Atom
#! /bin/bash
ATOM_DISABLE_SHELLING_OUT_FOR_ENVIRONMENT=true /usr/bin/atom "$@" &
## wait a few secs, then kill all env collecting processes
sleep 3
PIDS='ps aux | grep 'bash -ilc command env' | awk '{print }''
for i in $PIDS
do
kill -9 $i
echo "killed: $i"
done