A primeira coisa que você deve saber é que o Active Directory e o DNS estão tão interligados que são quase um deles. Para todos os efeitos, você deve esquecer a ideia de ter um domínio do Active Directory que não tenha um servidor DNS primário para clientes Windows.
Eu não direi que é "impossível", mas eu recomendo strongmente que seja um caminho com apenas dor.
Como alternativa, por que não permitir que o AD e o DNS trabalhem juntos e, em seguida, adicionar encaminhadores aos seus servidores DNS normais. É o mesmo resultado final, você pode basicamente esquecer o seu servidor DNS da Microsoft, pois ele irá simplesmente seguir adiante fazendo suas próprias tarefas, enquanto você mantém e atualiza ativamente seus outros Servidores de Nomes.