Seu desempenho não é bem dimensionado com vários núcleos de processamento devido à implementação específica.
Versões anteriores eram bastante propensas a corrupção (e eu encontrei isso várias vezes), embora isso seja supostamente resolvido nas versões atuais.
Seu fsck pode acabar causando mais corrupção em um sistema de arquivos já muito corrompido.
Atualizando para o seu sucessor, o Reiser4, requer um backup e uma restauração completos, já que é efetivamente um sistema de arquivos completamente diferente, ao contrário do ext2- > ext3 > ext4.
Existem poucos desenvolvedores realmente trabalhando no Reiserfs, o que significa que, se e quando ocorrerem problemas, não há muito suporte para corrigi-los.
Muita desta informação é de um dos principais desenvolvedores do SuSE quando eles decidiram para mudar o sistema de arquivos padrão do Reiserfs para o ext3.