Você pode acompanhar o andamento do reparo observando o conteúdo do seu diretório de dados; você verá tabelas com nomes começando com # que são usados durante o reparo.
Você também pode verificar SHOW PROCESSLIST para se certificar de que não está fazendo um "Repair with keycache" porque isso é muito pior do que "Repair by sorting"
O reparo é muito lento em tabelas grandes; você provavelmente deve evitar tabelas muito grandes, especialmente com muitos índices, com o MyISAM. Prefira particioná-los para reduzir os tempos de reparo. Isso pode exigir uma alteração importante no código do aplicativo.