O Xen tem um pouco de fundo estranho. Já se perguntou por que - por exemplo - o Fedora 11 não pode funcionar como um host Xen, mas apenas como convidado?
O desenvolvimento do Xen sempre foi fora do kernel e requer patch maciço do seu kernel se você usar um kernel atual. O CentOS (e o RHEL, no que diz respeito ao assunto) são baseados no kernel 2.6.18, para o qual existe um excelente suporte a Xen, porque a Red Hat suporta esse kernel específico para ser um Xen dom0.
Novos kernels que 2.6.18 podem - e provavelmente serão - problemáticos. Verifique este artigo em ubuntu.com, por exemplo. Note que é não é impossível usar o Ubuntu como um host Xen, mas eu certamente não o recomendaria, e nem, no final, o autor do artigo acima mencionado.
Se você quiser usar uma distribuição baseada em Debian para um servidor Xen, use o Debian, não o Ubuntu. Dito isso, eu recomendaria uma distribuição baseada no Red Hat (CentOS mais específico) a qualquer momento, devido ao fato de que o RHEL5 (e, portanto, o CentOS5) é uma distribuição de classe empresarial, que é comercializada (entre outros) por seus recursos Xen. O RHEL5 (e, portanto, o CentOS5) estará disponível por um tempo longo . Otoh, é provável que o Red Hat solte Xen eventualmente. O KVM parece ser o futuro.
De qualquer forma, para encurtar a história: vá para o CentOS5. Tudo para um servidor Xen está lá, está bem empacotado e funciona.