Como outros já mencionaram, um servidor HTTP (IIS / Apache) não precisa de mais portas abertas do que o outro. O que eles parecem ser confuso / ofuscante é mais abaixo do servidor HTTP. O Windows associado a um domínio do Active Directory depende muito do DNS.
Um diagrama de onde os servidores estão posicionados em relação a qualquer firewall ajudaria. Parece que o servidor da Web deve estar voltado para o público. Se for esse o caso, é em uma DMZ?
Eu concordo com os outros, no entanto. Não deve haver razão para expor mais de 80/443 ao público, em qualquer situação.
Editar:
Na sua DMZ, se a caixa do Windows tiver que ser unida a um domínio do AD e não houver DC na DMZ (o que eu estou supondo que não haja), portas adicionais precisarão ser abertas para se comunicar com o DNS e DA.
Agora, eu não sou um deus * nix, mas se houver algum tipo de autenticação central acontecendo para o Apache, acho que esse também será o caso. Talvez isso já tenha sido configurado, e eles estão empurrando mais para usar a configuração existente.
Conclusão: a declaração de que o IIS precisa de portas adicionais abertas simplesmente não é verdadeira. Todos os serviços subjacentes MIGHT precisam ter mais portas abertas, mas dependem completamente de como o aplicativo da Web funcionará e como ele é gerenciado. Para serviços HTTP diretos, as portas padrão 80/443 são tudo o que é necessário.