Se o seu sistema suporta /etc/cron.d, você também pode tentar dividir os trabalhos cron em arquivos individuais, agrupados por aplicativo.
root@linuxbox:/etc/cron.d# ls
sa-update sysstat vnstat
Observe que o formato das tarefas agendadas no /etc/cron.d é um pouco diferente, pois você colocaria o usuário executando o comando entre os campos de tempo e o próprio comando, por exemplo,
root@linuxbox:/etc/cron.d# cat sa-update
### OPTIONAL: Spamassassin Rules Updates ###
#
# http://wiki.apache.org/spamassassin/RuleUpdates
# Highly recommended that you read the documentation before using this.
# ENABLE UPDATES AT YOUR OWN RISK.
#
# /var/log/sa-update.log contains a history log of sa-update runs
10 4 * * * root /usr/share/spamassassin/sa-update.cron 2>&1 | tee -a /var/log/sa-update.log