Não, você não pode fazer isso na configuração. Olhando através de sftp-server.c , vejo que a única maneira de desabilitar isso é executar sftp-server no modo somente leitura, o que é inútil se você quiser permitir uploads:)
Se você não se importar em manter seu próprio pacote openssh, poderá remover as chamadas para utimes / futimes in sftp-server.c antes de compilar. Como alternativa, você pode usar uma biblioteca LD_PRELOAD com implementações noop dessas funções.