Como mencionado nas outras respostas, você não pode impor uma senha em uma chave. No entanto, para impor a autenticação de dois fatores (algo que você tem, a chave e algo que você sabe, a senha), você pode usar outra opção.
Nas versões mais recentes do OpenSSH, você pode definir o parâmetro RequiredAuthentications2 pubkey,password
em /etc/ssh/sshd_config
. Isso forçará o usuário a usar a autenticação de chave pública E senha, fornecendo efetivamente a autenticação de dois fatores.