Essa é uma pergunta muito inteligente e uma clara fonte de confusão quando ops e devs falam. Isso significa coisas diferentes dependendo do contexto e, especialmente, em um contexto de hospedagem na Web.
root pode até onde eu sei oficialmente pelo menos:
- o acesso total ao sistema privilegia o usuário.
- o diretório base do sistema de arquivos, a.k.a. /
- o diretório base do sistema de arquivos compartilhados do servidor da Web a partir do qual um site da Web é veiculado, a.k.a.web-root.
- a primeira barra após o nome do host em um endereço de URL da web, a.k.a. a raiz do uri.
- o caminho do script compartilhado comum a vários sites ou uri: s dentro de um site, a.k.a caminho de script, link raiz, link relativo da raiz da web, link relativo à raiz.
Os dois últimos geralmente não são mencionados na documentação e no material de referência escritos para os administradores de sistema, um fato que agrega relevância à questão.
Eu ouvi cada um deles sendo referido como 'a raiz' em algum momento ou outro, por algum desenvolvedor web profissional ou altamente qualificado ou outro. Isso tem sido surpreendente, já que eu li muito e achei que tinha o termo 'raiz' bem definido. Assim, é fácil interpretar erroneamente a intenção real, devido à terminologia diferente, tanto entre ops e devs, mas também entre diferentes subroles de devs (como é minha impressão).
Eu não ficaria surpreso se houvesse um bom número de outros significados, tanto válidos quanto mal interpretados, além destes.
Então, sua tarefa é descobrir a que mundo seu dev está se referindo, o que nem sempre é fácil: -)