Use código-fonte separado e bancos de dados separados. Dessa forma, você pode instalar extensões ou temas personalizados em um deles sem afetar os outros.
Se você realmente sabe que nunca terá extensões / temas personalizados em um, mas não nos outros wikis, então 3. parece ser uma escolha melhor do que 2, mas lembre-se da pasta de upload (existe uma configuração em LocalSettings para especificar o caminho)