Você pode encontrar os maiores arquivos abertos com:
sudo lsof -s | awk '$5 == "REG"' | sort -n -r -k 7,7 | head -n 50
Isto irá listar os arquivos regulares (não pipes, sockets, etc) ordenados por tamanho em ordem decrescente, e tomar o top 50.
Você também pode ver quais processos têm mais arquivos abertos, com algo como
sudo lsof | awk '$5 == "REG" {freq[$2]++ ; names[$2] = $1 ;} END {for (pid in freq) print freq[pid], names[pid], pid ; }' | sort -n -r -k 1,1