Existe apenas um tipo de link simbólico.
O problema que você está vendo com o FTP é provavelmente que o servidor FTP esteja restrito a uma subárvore do sistema de arquivos (isso é chamado de chroot jail ), e um link simbólico apontando para fora dessa subárvore não funcionará. Isso é por design: a cadeia chroot é para segurança, e você não deve ser capaz de escapar da cadeia seguindo um link simbólico.
Organize todos os arquivos que você precisará acessar com o FTP para estar na cadeia. Links simbólicos funcionarão desde que não tentem escapar da prisão.
(Se você é root na máquina, existem maneiras de tornar mais arquivos acessíveis dentro da cadeia, mas eu não recomendo brincar com isso se você não entender todos os problemas.)